2006年以来，上海分别与苏浙、中部六省（安徽、湖南、湖北、江西、河南、山西）和川渝两省市签署了区域大通关建设合作协议，建立由口岸（委）办、口岸查验单位和口岸运营单位等共同参加的协作推进机制。 

　　2012年3月，安徽省正式加入长三角区域大通关协作机制，长三角区域大通关合作的口岸城市群范围由原有的15个扩大至28个。 

　　上海海关与全国40个直属海关建立了区域通关合作机制，区域通关改革已率先覆盖至全国所有直属海关。上海检验检疫局自“泛长三角检验检疫合作机制信息平台”启用以来，实现了检验检疫省际跨区域业务协同处理的无纸化和信息化。 

　　2013年长三角、川渝沪、中西部口岸区域合作重点：扩大长三角口岸城市群合作范围，做实点对点城与城合作项目。完善上海与中部六省、川渝沪大通关合作机制。 

    2014年长三角、川渝沪、中西部口岸区域合作重点：开展长三角区域通关一体化专题研究，推动口岸查验单位出台支持措施和推进长三角口岸城市群项目合作。围绕上海自贸试验区和七省市口岸的监管创新举措，贯彻落实“两带一路”国家战略，深入研究合力推进贸易便利化、深化沿海沿边口岸大通关合作的思路和举措。会议召开对下一步加强上海与中部地区，以及与内蒙古、广州等省市的区域通关合作，促进口岸联动发展具有重要意义。

    2015年长三角、川渝沪、中西部口岸区域合作重点：围绕共同推进长三角区域通关一体化、推动地方电子口岸互联互通和信息共享、落实口岸城市群合作等主要内容，分三个专题进行了深入地研讨。进一步凝聚了长三角区域口岸相关部门合力推进区域通关一体化的共识，形成了合力推进长三角通关一体化的方案和促进措施。川渝沪口岸大通关合作进一步深化，三地口岸部门多次开展专题性合作项目互动交流，三地海关、检验检疫、海事等部门深入推进区域通关一体化等作业改革，三地航运企业在水水中转、江海直达、铁海联运、联程中转等方面取得新进展，川渝沪口岸大通关合作有力助推“一带一路”和长江经济带战略国家的实施。

    2016年长三角、川渝沪、中西部口岸区域合作重点：确定长三角区域大通关建设协作2016年度工作计划，研究审议长三角区域“单一窗口”总体建设方案的初步设想。会议决定，第二、三次联络员会将分别在安徽和江苏召开，第一、二次区域“单一窗口”建设专项工作会分别在上海和浙江召开。