2005年12月10日，全国第一个保税港区——洋山保税港区正式启用。洋山保税港区规划面积8.14平方公里，由保税区陆域部分、东海大桥和小洋山岛港口区域三部分组成，其中陆域部分面积6平方公里，设有口岸查验区、港口辅助区、仓储物流区、国际中转区、采购配送区、加工制造区、商贸服务区等功能区，主要发展和提供集装箱港口增值、进出口贸易、出口加工、保税物流、采购配送、航运市场等产业和服务功能，岛域部分是集装箱深水港码头作业区域，包括洋山深水港一期、二期码头，面积2.14平方公里，是集装箱装卸、中转的功能区域。
2005年12月10日洋山深水港一期工程正式启用以来，作为全国第一个保税港区，洋山保税港区承担了建设国际航运发展综合试验区的重要使命。依托洋山集装箱深水枢纽港区的独特区位，洋山保税港区积极进取，不断探索，积极开拓国际采购、配送、转口贸易和出口加工等功能。为了加快上海国际航运中心建设，促进洋山保税港区的发展，根据有关法律、行政法规和《国务院关于设立洋山保税港区的批复》以及上海市与浙江省联合建设洋山深水港区合作协议，2006年10月24日上海市人民政府令第63号发布《洋山保税港区管理办法》，办法自2006年11月24日起施行。
洋山保税港区管委会及其职责：洋山保税港区管理委员会（以下简称管委会）由上海市组建，海关和检验检疫等部门、上海市人民政府相关部门、上海市南汇区人民政府和浙江省舟山市人民政府参加，在洋山港区建设省市联合协调领导小组指导下，统一负责保税港区的日常事务管理。管委会可以依法接受上海市和浙江省有关行政管理部门的委托，在保税港区内履行相关行政管理职责，并负责协调和配合口岸、海关、检验检疫、港口、海事、边检、工商、税收、金融、公安、环保、海洋等有关管理部门在保税港区的行政管理工作。
洋山保税港区管理委员会是上海市人民政府的派出机构。2009年11月18日上海综合保税区管委会挂牌，“三区”联动发展拉开序幕， 2009年11月建立了洋山保税区港办事处。
洋山保税港区不断开拓开展集装箱港口运输装卸，货物的国际中转、国际配送、国际采购、国际转口贸易和出口加工业务，以及与国际航运配套的金融、保险、代理、理赔、检测等服务业务。
2009年3月25日，国务院常务会议审议并通过了《关于扶持上海航运中心建设的若干意见》。决定将洋山保税港区升格为国家级“国际国际航运综合试验区”，实行“免征营业税、开设离岸金融账户、起运港退税”等一系列特殊优惠扶持政策。2010年3月18日上午，洋山保税港区进口汽车展揭牌仪式在洋山国贸大厦隆重举行。
目前，洋山保税港区深度挖掘其作为“国际航运发展综合试验区”的潜在价值。进一步放大洋山大宗商品产业规模，重点推进全球采购配送和产品分拨、进口食品展销等基地建设，不断营造区域发展新优势。加大对分拨配送中心的招商推介力度，形成了IT产品、办公家具、高档服装等一批面向欧美的采购配送中心，以及汽车零部件、机械设备、高档食品等一批面向国内的产品分拨基地。同时积极拓展洋山保税港区展示贸易功能，新引进国际食品酒业、红酒国际贸易等项目，努力打造国内最大的进口食品展销基地。按照探索建设国际航运发展综合试验区的要求，洋山保税港区进一步加大改革创新力度、不断探索功能突破，加快实现产业集聚，加快上海国际航运中心建设核心载体的责任。依托综合保税区的创新探索，洋山保税港区正形成一系列功能突破：融资租赁业务的启动，在洋山实现了航运金融服务新突破；水水中转集拼的探索，进一步提升洋山口岸枢纽功能。期货保税交割试点的推进，推动了洋山航运物流高端化发展。保税展示销售中心的建立，为洋山保税港区注入贸易功能。现在的洋山保税港区，正初步形成跨国公司分拨配送中心、重点航运类企业、第三方物流企业、有色金属集散等集聚趋势。