2006年以来，上海分别与苏浙、中部六省（安徽、湖南、湖北、江西、河南、山西）和川渝两省市签署了区域大通关建设合作协议，建立由口岸（委）办、口岸查验单位和口岸运营单位等共同参加的协作推进机制。 

　　2012年3月，安徽省正式加入长三角区域大通关协作机制，长三角区域大通关合作的口岸城市群范围由原有的15个扩大至28个。 

　　上海海关与全国40个直属海关建立了区域通关合作机制，区域通关改革已率先覆盖至全国所有直属海关。上海检验检疫局自“泛长三角检验检疫合作机制信息平台”启用以来，实现了检验检疫省际跨区域业务协同处理的无纸化和信息化。 

　　2013年，重点扩大长三角口岸城市群合作范围，做实点对点城与城合作项目。完善上海与中部六省、川渝沪大通关合作机制。