上海是我国经济发展的中心城市，也是国内最重要的国际性口岸城市，2006年，上海港货运吞吐量5.37亿吨，居世界首位；集装箱吞吐量2171万标准箱，列世界第三。作为国家设在上海口岸的进出境监督管理机关，上海海关承担的监管和服务任务日益艰巨繁重。近年来，上海海关以占全国海关6％的人数承担着占全国25％左右的监管业务量，监管进出口货物总值、集装箱量以及征收税款等主要业务指标一直位居全国海关榜首，其中监管的进出口货物总值和征税总额分别占全国的1/4和1/5强。2006年，上海海关监管进出口货物总值高达4288亿美元，比上年增长22.3%；监管进出口集装箱1585万标准箱，增长43.8%；监管进出境人员1693万人次，增长12％；监管进出境运输工具15.9万艘/架次，增长11.9％。全年征税入库1286.78亿元人民币，增长12.9%，首次超过广东七个海关征税总额。
近年来，上海海关先后开展了提前报关、无纸通关、空运直通式通关、特定区域快速通关等具有首创和示范效应的改革项目，并充分应用H2000系统、H986技检系统、卡口联网与控制系统、GPS卫星定位系统等高科技手段，使海关业务与科技应用深度融合，实现严密监管和高效运作的统一。2003年10月1日，上海口岸在全国率先实施“5+2天”通关工作制， 2006年，上海海关又提出了进一步落实完善该项制度的15条措施，努力把上海建成高效、便捷、安全的“无休港”。上海电子口岸成立以来，上海海关先后开发运行了网上信息发布、业务咨询、报表下载等功能，上线运行的服务项目涵盖通关、质检、税务、外贸、外汇、货代等56个，用户4.5万家，遍及全国各省市自治区。目前，应用网上税费支付系统的银行已增至11家，2006年电子化支付税费860亿元，电子化支付率达三分之二。截至2006年底，共有1542家企业与上海海关签订了无纸通关协议，2006年，受理无纸通关报关单102万票，比上年增长15.81%。自2005年2月上海海关风险分析和监控中心成立以来，开发升级了风险分析辅助决策系统，从各类通关高风险因素中确定相关的布控指标、参数及处置建议，对通关实行分类管理，为守法企业提供更多的通关便利，并查获涉嫌走私违规案件案值8.09亿元。同时，上海海关已着手开展战略管理层风险决策方案研究，以切实推进“耳聪目明”的智能型海关建设。
上海海关始终以“上海是全国的上海”的视野和胸怀，积极支持促进转关发展，推进区域通关改革，主动做好服务全国这篇文章。转关业务量是衡量口岸集散能力和辐射效应的重要指标，上海海关制定并落实“支持转关运输6项措施”，目前已与全国37个直属海关的100多个业务现场开展了包括海路联运、海铁联运、陆空联运等多种形式的转关业务。2006年，上海海关办理进出口转关运输货物达1322亿美元，增长26.2%。上海海关还将“属地申报、口岸验放”区域通关改革范围扩大至上海、江苏、浙江、安徽、江西、湖南、湖北、四川、重庆、河南、陕西等9省2市，跨越东、中、西部12个关区，现在，从属地海关接单到口岸海关放行仅需1小时，加入改革的企业充分感受到了通关便捷。
目前，上海共有保税区、保税物流园区、保税港区、出口加工区等4类9个特殊监管区域。2006年，上海海关共办理加工贸易备案合同6.7万份，金额215.6亿美元；出口加工区进出口总额390.5亿美元，增长35.2％；监管进出保税物流园区货物20.9万票，货值182.3亿美元。上海海关采取了推进加工贸易联网监管试点、优化特殊区域监管模式等有效措施有力促进加工贸易和保税物流发展。目前，加工贸易联网企业已达123家，2006年联网企业进出口总额187.3亿美元，占上海市加工贸易进出口总额的18.8%。上海海关在全国率先开发运行“特殊监管区间货物调拨管理系统”，实现出口加工区与保税区一体化监管，货物调拨时间由原先24－72小时缩短至2—3小时。上海海关还提出了构建“一个快捷、高效的信息化公共平台，保税物流和保税加工两个体系”的特殊区域整合模式，引导和鼓励加工贸易增量进区，并以出口加工区拓展保税物流功能为突破口，不断完善出口加工区的物流和供应链配送服务，促进加工区内企业向多元化发展。
2006年，上海海关制定并实施了“进一步推动洋山保税港区发展8项措施”，认真落实“进港退税”政策，完善“先报关、后进港”出口通关模式，推进洋山保税港区公共信息平台建设，实施长江沿岸至洋山江海联运海关监管模式，联通洋山保税港区与长江“黄金水道”间的物流链，有效增强了洋山港对长三角地区乃至东北亚物流的集聚和辐射作用。2006年，洋山口岸共验放进出口货物货值451亿美元，监管集装箱吞吐量345万标准箱，占上海港集装箱吞吐总量的15.9％。洋山港“水水转运”的集装箱量在各种转运方式中的比重已达39%，超过整个上海港31%的“水水转运”比重。同时，还大力支持上海航空枢纽港建设，研究制定了科学合理的浦东国际机场二期航站楼进出境大厅海关监管方案，深入推进空运出口货物监管流程改革。