1998年国务院机构改革，撤销了成立于1993年的国家口岸办公室，并将其口岸规划、审理职能交给海关总署承担。与此同时，各省(市、自治区) 口岸办继续保留，各地根据地方口岸情况，口岸办分别合并到不同的部门，多数省(市、自治区)合并到商务厅，对外统一为省(市、自治区)人民政府口岸办公室。
2006年5月中央编办批复海关总署口岸规划办公室更名为“国家口岸管理办公室”。至此，撤销了近十年的国家口岸办恢复成立。
国家口岸管理办公室的主要职责是：研究提出各类对外开放口岸的整体规划及口岸规范的具体措施并组织实施；根据国务院的总体需求，组织协调口岸通关中各有关部门的工作关系，指导和协调地方政府口岸工作。
国家口岸管理办公室下设三个处：口岸一处(规划审理)分工负责编制并组织实施国家口岸发展规划及口岸年度开放计划；承办国务院交办的口岸开放和扩大开放以及己开放口岸增加查验单位人员编制的办件；审理临时口岸开放和组织对新开口岸正式开放前的联合验收；承办口岸通关数据、统计汇总和通报。
口岸二处(通关协调)分工负责组织实施口岸“大通关”建设；协调和推动口岸通关中各有关部门的工作关系及合作；组织推动口岸精神文明建设及谦政共建活动；承建并维护中国口岸门户网站。
口岸三处(口岸综合)分工负责研究提出口岸工作的方针政策；联系指导地方政府口岸工作的相关事务；承办国家口岸管理办公室各类办公综合事项；组织开展口岸国际合作。
2006年5月中央编办批复海关总署口岸规划办公室更名为“国家口岸管理办公室”。至此，撤销了近十年的国家口岸办恢复成立。
国家口岸管理办公室的主要职责是：研究提出各类对外开放口岸的整体规划及口岸规范的具体措施并组织实施；根据国务院的总体需求，组织协调口岸通关中各有关部门的工作关系，指导和协调地方政府口岸工作。
国家口岸管理办公室下设三个处：口岸一处(规划审理)分工负责编制并组织实施国家口岸发展规划及口岸年度开放计划；承办国务院交办的口岸开放和扩大开放以及己开放口岸增加查验单位人员编制的办件；审理临时口岸开放和组织对新开口岸正式开放前的联合验收；承办口岸通关数据、统计汇总和通报。
口岸二处(通关协调)分工负责组织实施口岸“大通关”建设；协调和推动口岸通关中各有关部门的工作关系及合作；组织推动口岸精神文明建设及谦政共建活动；承建并维护中国口岸门户网站。
口岸三处(口岸综合)分工负责研究提出口岸工作的方针政策；联系指导地方政府口岸工作的相关事务；承办国家口岸管理办公室各类办公综合事项；组织开展口岸国际合作。