上海浦东机场综合保税区位于我国东部沿海经济带与长江流域的交汇点，紧邻货邮吞吐量位居世界第三的浦东国际机场，又处于亚、欧、美三角航线上，具有很强的对外对内辐射能力。机场综合保税区将依托长三角腹地雄厚的经济实力，利用浦东机场丰富的航线资源与独特的区位优势，逐步形成亚太地区的航运枢纽。
2009年7月3日，国务院正式批准设立上海浦东机场综合保税区，批复规划面积3.59平方公里。一期围网面积1.60平方公里，于2010年4月2日顺利通过了国家十部委组成的联合验收组的正式验收，海关总署党组成员、副署长孙毅彪、市委常委、常务副市长、上海综合保税区管委会主任杨雄出席了验收合格证书颁发仪式，并共同为上海浦东机场综合保税区揭牌。并于9月28日正式运作。形成了浦东新区沿东海一百多公里的岸线上，由北向南分别分布着外高桥港、上海浦东国际机场空港、洋山港和外高桥保税区、上海浦东机场综合保税区以及洋山保税港区，形成 “三港三区”格局。
为了加强上海浦东机场综合保税区（以下简称浦东机场综保区）的管理，保障浦东机场综保区的建设和发展，根据法律、法规和《国务院关于同意设立上海浦东机场综合保税区的批复》以及国家有关政策，2010年5月28日上海市人民政府令第44号公布《上海浦东机场综合保税区管理办法》，自 2010年7月1日起施行。为浦东机场综合保税区顺畅运作与企业便利通关提供了支持保障。2010年12月6日，上海海关正式颁布实施《上海浦东机场综合保税区监管实施方案》。
浦东机场综保区其管理职责是上海综合保税区管理委员会（以下简称管委会）为市政府派出机构，负责浦东机场综保区内有关行政事务的统一管理， 管委会在浦东机场综保区内承担日常管理事务，本市税务、工商、公安部门在浦东机场综保区内设立办事机构。2009年11月设立浦东机场办事处。
浦东机场综保区区域功能由浦东机场综合保税区叠加了保税区、出口加工区和保税物流园区等三种特殊监管区域的所有功能政策，浦东机场综保区发展国际货物中转、国际采购配送、国际转口贸易、国际快件转运、维修检测、融资租赁、仓储物流、出口加工、商品展示交易以及配套的金融保险、代理等业务，成为上海国际航运中心和金融中心建设的重要组成部分。浦东机场综合保税区设立后，浦东区域范围内将同时拥有综合保税区、保税港区、保税区、保税物流园区、出口加工区五类主要的海关特殊监管区，成为全国海关特殊监管区域类型最丰富、功能最完善的区域。
经过近几年的共同努力，浦东机场综合保税区进入启动运营的新阶段。全面运营后，浦东机场综合保税区依托上海空运优势，重点发展临空服务产业，推进空运枢纽增值服务中心建设，布局为航空业服务的租赁和维修基地，建立以信息技术产品、航空航材及零部件为核心的空运货物分拨配送中心和中转集拼基地，从而为上海提高物流资源配置能力，积极参与国际竞争发挥重要的推动作用。
目前，机场综保区创新监管模式、改革监管流程，设立了第三方分拨集拼中心，并探索建立国内跨关区便捷转关常态化运作机制，拓展国际中转及中转集拼功能，真正实现机场综保区区港一体化的整体运作环境。机场综保区强化招商引资及企业服务机制，机场综保区空运分拔中心累计将超过20家。同时，推动功能性项目启动运作，日上免税店以“前店后库”模式开展保税仓储和免税销售业务。此外，二期范围内东航货站已开工建设，DHL北亚转运中心已投入运营，随着UPS、DHL和FedEx三大全球快件公司入区发展，机场综保区快件转运中心正在逐步形成。
腾飞的浦东机场综合保税区
为加快实施上海国际航运中心建设和深化浦东开发开放，国务院于
上海浦东机场综合保税区规划面积为3.59平方公里，按照“一次规划、分期实施”的原则，一期封关区域面积1.60平方公里，于
优越的地理区位条件：上海浦东机场综合保税区紧邻浦东国际机场，是我国东部沿海经济带与长江流域的交汇点。目前，通航浦东国际机场的中外航空公司已达86家，航线覆盖100多个国际城市和74个国内城市，其中44家航空公司开通了全货机航班，货邮吞吐量稳居全球第三，并有望在未来几年跃升至全球第一。
良好的配套服务环境：浦东机场口岸通关服务中心位于区内公共服务中心，设有海关、检验检疫、税务、工商等业务受理大厅，共计393个服务窗口，形成政府职能部门一站式服务体系，为企业报关、报检、报税等业务操作提供便捷的服务。区域周边郊环、外环、迎宾大道、华夏路高架以及申嘉湖高速路网密集，向北有沪崇苏、沿江、沪宁等高速到达江苏等地，向南可以通过杭浦、沪杭等高速连接浙江等地。在浦东新区十二五规划中，轨道交通11线进入迪斯尼后将延伸至浦东机场综合保税区，终点浦东国际机场与2号线连接。高铁东站也规划在浦东机场综保区附近，交通十分便利。
完备便捷的物流运作环境：上海浦东机场综合保税区依托上海独特的航线资源优势，全面配套了海关分送集报、整报分出、诚信管理、预约加班等优惠政策与检验检疫整体预检验、分批核销放行的便利措施，同时，空运货物服务平台的建立、空运普货及快件进出口便捷通道的开启、跨关区空运转关流程再造以及区港一体化运作模式下保税、监管货物同步操作为发展空运货物分拔中心、空运保税物流、快件转运等业务创造了良好的软环境。
作为我国目前政策最优惠、功能最齐全的海关特殊监管区之一，上海浦东机场综合保税区始终致力于功能创新和先行先试，全面运作以来，区域产业功能实现多举突破并快速发展：建成了国内首家融资租赁展示馆和综合服务平台，融资租赁业呈现集聚化、规模化、多元化发展态势；依托浦东机场航运资源优势与区港一体化发展机遇，逐步形成了电子元器件、工业零部件、医疗器械及高端商品四大类具有高附加值特点的空运产品分拔中心；进一步拓展国际中转、高端商品贸易展示，航空培训服务、维修检测等临空服务业，打造临空功能服务的先导区，成为上海航运中心建设的新亮点。
未来，上海浦东机场综合保税区将充分发挥政策、功能优势以及联接国内外两个市场、利用国内外两种资源的桥梁纽带作用，引导现代生产型服务业和先进制造业入区发展，为落实国家建设上海国际航运中心战略做出贡献。