2005年12月10日，经国务院批准，洋山保税港区在洋山深水港开港的同时正式启用，是我国第一个保税港区，也是实行港口和保税区、出口加工区、保税物流园区功能合一运作模式的创新区。2009年11月，上海综合保税区成立，洋山保税港区、外高桥保税区和浦东机场综合保税区“三港三区”联动发展。同时，国务院赋予了洋山保税港区探索建设国际航运发展综合试验区的重要使命。2013年8月，国务院正式批准设立中国（上海）自由贸易试验区，规划范围28.78平方公里，包括：洋山保税港区、外高桥保税区、外高桥保税物流园区以及浦东机场综合保税区，其中洋山保税港区封关面积为14.16平方公里，占中国（上海）自由贸易试验区规划面积的49.2％,由保税区陆域部分、东海大桥和小洋山岛港口区域三部分组成，其中陆域部分面积6平方公里，设有口岸查验区、港口辅助区、仓储物流区、国际中转区、采购配送区、加工制造区、商贸服务区等功能区，主要发展和提供集装箱港口增值、进出口贸易、出口加工、保税物流、采购配送、航运市场等产业和服务功能，岛域部分是集装箱深水港码头作业区域，包括洋山深水港一期、二期码头，面积2.14平方公里，是集装箱装卸、中转的功能区域。
2005年12月10日洋山深水港一期工程正式启用以来，作为全国第一个保税港区，洋山保税港区承担了建设国际航运发展综合试验区的重要使命。依托洋山集装箱深水枢纽港区的独特区位，洋山保税港区积极进取，不断探索，积极开拓国际采购、配送、转口贸易和出口加工等功能。为了加快上海国际航运中心建设，促进洋山保税港区的发展，根据有关法律、行政法规和《国务院关于设立洋山保税港区的批复》以及上海市与浙江省联合建设洋山深水港区合作协议，2006年10月24日上海市人民政府令第63号发布《洋山保税港区管理办法》，办法自2006年11月24日起施行。
区域管理服务
2013年9月29日，中国（上海）自由贸易试验区管理委员会正式挂牌启动，作为上海市政府派出机构，负责中国（上海）自由贸易试验区范围内相关改革试点任务和行政事务。洋山保税港区办事处作为非独立法人机构，代表管委会具体落实或协调落实洋山保税港区相关行政事务，承担本区域的贸易监管创新、总部经济培育具体任务。负责区域招商引资、稳商育商和企业服务工作，负责区域贸易便利化、亚太总部培育和功能拓展推进工作，负责联系和协调驻区各行政职能部门和相关开发公司，贯彻落实区域经济发展目标。
洋山保税港区设有海关、出入境检验检疫、工商、税务、海事、口岸办、港口、边检、公安等部门的分支机构或办事机构，以及相应的办事大厅或服务窗口。
2014年1月20日，洋山保税港区新设中国（上海）自由贸易试验区综合服务大厅正式进入试运行阶段，位于深水商务广场（浦东新区顺通路9号）D座一楼，总面积1600余平方米，设有办事窗口、等候区、洽谈区、商务中心、休息区等五大空间区域，导入质监、工商、税务和外资等服务部门，为自贸试验区企业登记注册提供名称受理、一口受理、业务咨询、材料补正和证照领取等服务功能，实行与外高桥保税区的综合服务大厅相同的办事流程. 洋山一口受理大厅电话： 质检代码：68282501 工商：68282399 税 务：68282508 外 资：68282568 注册：68282558。
区域情况
洋山保税港区由陆域部分6.85平方公里、小洋山港口区域7.31平方公里和连接二者的东海大桥三部分组成，主要发展和提供航运服务业与港口增值服务、国际中转集拼与水水中转、国际采购配送与分拨中心、大宗商品交易与期货保税交割、航运金融与融资租赁、国际贸易与新型业态、保税展示与专业市场、跨境投资与金融服务、服务贸易与服务业开放、国际船舶登记与国际船舶管理等产业和服务功能。
洋山保税港区陆域部分，紧邻南汇新城镇主城区和临港重装备产业区。主要规划开发和建设了查验区、港口辅助区、仓储配送区、集拼中转区、加工制造区、商贸展示区等功能区域。区域周围还有临港非保税物流园区、铁路中心编组站、集装箱内河转运区、危险品仓储区等其他物流运作区。
小洋山港口区域，也是集装箱深水港码头作业区域，位于杭州湾口东海海上的崎岖列岛。港口具备20米以上的水深条件，港区岸线长5.6公里，共拥有16个7-10万吨级的大型集装箱码头泊位，可接纳第五、第六代巴拿马型集装箱船靠泊。国际航线密集，已开辟欧洲、南美、北非、地中海等10条航线。
东海大桥是洋山港和上海市南汇区芦潮港之间的洋上大桥，总长32.5公里，起始于洋山保税港区的陆域部分，跨杭州湾口宽阔的海面直抵小洋山岛，是目前世界上最长的外海跨海大桥。大桥按双向六车道加紧急停车带的高速公路标准设计，桥宽31.5米，建有全覆盖的视频监控系统和监控中心，可满足海关、检验检疫等口岸监管以及公安、养护等部门的监管要求，海事管理部门可通过VTS系统监控大桥区域的海上通航安全。
洋山保税港区管委会及其职责：洋山保税港区管理委员会（以下简称管委会）由上海市组建，海关和检验检疫等部门、上海市人民政府相关部门、上海市南汇区人民政府和浙江省舟山市人民政府参加，在洋山港区建设省市联合协调领导小组指导下，统一负责保税港区的日常事务管理。管委会可以依法接受上海市和浙江省有关行政管理部门的委托，在保税港区内履行相关行政管理职责，并负责协调和配合市口岸办、海关、检验检疫、港口、海事、边检、工商、税收、金融、公安、环保、海洋等有关管理部门在保税港区的行政管理工作。
洋山保税港区管委会及其职责：洋山保税港区管理委员会（以下简称管委会）由上海市组建，海关和检验检疫等部门、上海市人民政府相关部门、上海市南汇区人民政府和浙江省舟山市人民政府参加，在洋山港区建设省市联合协调领导小组指导下，统一负责保税港区的日常事务管理。管委会可以依法接受上海市和浙江省有关行政管理部门的委托，在保税港区内履行相关行政管理职责，并负责协调和配合市口岸办、海关、检验检疫、港口、海事、边检、工商、税收、金融、公安、环保、海洋等有关管理部门在保税港区的行政管理工作。
洋山保税港区管理委员会是上海市人民政府的派出机构。2009年11月18日上海综合保税区管委会挂牌，“三区”联动发展拉开序幕， 2009年11月建立了洋山保税区港办事处。
洋山保税港区不断开拓开展集装箱港口运输装卸，货物的国际中转、国际配送、国际采购、国际转口贸易和出口加工业务，以及与国际航运配套的金融、保险、代理、理赔、检测等服务业务。
2009年3月25日，国务院常务会议审议并通过了《关于扶持上海航运中心建设的若干意见》。决定将洋山保税港区升格为国家级“国际国际航运综合试验区”，实行“免征营业税、开设离岸金融账户、起运港退税”等一系列特殊优惠扶持政策。2010年3月18日上午，洋山保税港区进口汽车展揭牌仪式在洋山国贸大厦隆重举行。
目前，洋山保税港区深度挖掘其作为“国际航运发展综合试验区”的潜在价值。进一步放大洋山大宗商品产业规模，重点推进全球采购配送和产品分拨、进口食品展销等基地建设，不断营造区域发展新优势。加大对分拨配送中心的招商推介力度，形成了IT产品、办公家具、高档服装等一批面向欧美的采购配送中心，以及汽车零部件、机械设备、高档食品等一批面向国内的产品分拨基地。同时积极拓展洋山保税港区展示贸易功能，新引进国际食品酒业、红酒国际贸易等项目，努力打造国内最大的进口食品展销基地。按照探索建设国际航运发展综合试验区的要求，洋山保税港区进一步加大改革创新力度、不断探索功能突破，加快实现产业集聚，加快上海国际航运中心建设核心载体的责任。依托综合保税区的创新探索，洋山保税港区正形成一系列功能突破：融资租赁业务的启动，在洋山实现了航运金融服务新突破；水水中转集拼的探索，进一步提升洋山口岸枢纽功能。期货保税交割试点的推进，推动了洋山航运物流高端化发展。保税展示销售中心的建立，为洋山保税港区注入贸易功能。现在的洋山保税港区，正初步形成跨国公司分拨配送中心、重点航运类企业、第三方物流企业、有色金属集散等集聚趋势。